从事胸心外科临床工作20余年，至今已独立完成心脏外科手术超过2500例，独立完成冠状动脉旁路移植术超过1000例，尤其擅长不停跳先天性心脏病矫治手术、微创冠状动脉搭桥手术和不停跳心脏瓣膜置换手术，手术成功率达96%～98%，帮助国内多家医院开展冠脉搭桥手术。完成的最小的先心病患者体重3.8公斤，年龄最大的85岁接受心脏搭桥手术。
梅运清教授至今独立完成普胸手术愈1000例，主要有肺癌根治、食管癌根治和纵隔肿瘤切除等，效果良好。
梅运清教授致力于慈善事业，2007年发起成立了全国第一个针对革命老区的爱心基金会——江西省革命老区爱心基金会，迄今（2011.07.30）已成功救助2363例心脏病患者。目前有来自全国各地的14岁以下的心脏病患者到上海市同济医院接受心脏手术，主要是14岁（含14岁）以下心脏病患者，该年龄段患者可接受北京爱佑华夏慈善基金会的救助，救助额度为总费用的50～55%。
通过多年的探索，在所研究领域已取得数项原创性进展，其研究结果已被多种国内外核心期刊所发表。近5年以第一作者和通讯作者发表论文40余篇，其中SCI收录论文15篇；申请实用新型专利12项，国家发明专利2项，承担并完成了多项部省级研究课题。
